动植物组学Animal and Plant Genomics

COMMON PROBLEMS常见问题

  • 简化基因组BSA比全基因组BSA价格便宜?

    简化基因组技术,捕获的基因组信息占基因组大小约1%~10%,全基因组技术,对整个基因组测序,获得的变异信息更全面,性价比更高,数据量。

  • DNA样品如何混池?先混样再提DNA?还是先提DNA再等量混合?

    先提DNA再等量混合,可以减少系统误差,近年发表的多数文献都是先提DNA再等量混合。

  • 能否保证定位到的候选区域的大小和候选基因的个数?

    候选区域的大小和候选基因个数的多少,与群体的大小、亲本材料差异的大小、目标性状特点、测序深度的多少、分析物种的基因组水平等多项因素相关,因此不能给出统一的标准,但可以参考已完成的项目经验进行估计。

  • 没有参考基因组的物种能否做BSA性状定位?

    没有参考基因组的物种可以进行SNP频率差异分析,可以找到候选区段,但是无参定位效果较差,并且缺少注释文件,获得的结果少。无参物种一般情况不推荐做BSA性状定位,建议尝试遗传图谱等方案。

  • 多倍体物种可以进行BSA性状定位吗?

    已经组装的多倍体参考基因组物种,例如:“油菜、烟草、棉花”,可以用BSA进行性状定位。

  • 人工诱变只能是EMS诱变吗?其他诱变方式得到的性状可否采用BSA性状定位?

    BSA性状定位是基于SNP,通过比较SNP频率差异进行分析的,EMS诱发的是点突变,所以EMS诱发的突变适合这种分析方式;其他的诱变方式诱发的大部分是结构变异,在SNP水平上可能找不到导致目标性状差异的区域,所以不适合SNP频率分析的方法。

  • 2013年,Henke等总结了全基因组BSA相比转录组(RNAseq)进行性状定位的优点。

    1. 覆盖范围:全基因组BSA可以覆盖整个基因组,而RNAseq只对编码区进行测序。 2. 基因检测的偏好性:全基因组BSA对基因的检测较均匀,无偏好性,不受时间或者组织的影响。RNAseq偏向于在特定时间或者组织中高表达的基因。 3. 区域偏好性:基因分布不均匀,若一些区域基因密度低,用RNAseq可能漏掉。 4. 多态性:基因组的多态性多数位于非编码区,采用RNAseq检测到的多态性较低,只有少数与突变位点连锁的多态性标记能被RNAseq检测到。因此,采用全基因组BSA更容易检测到与目标基因连锁的多态性标记。