代谢组学metabolomics

COMMON PROBLEMS常见问题

  • 色谱——质谱联用平台的基本原理,生物样品上机检测前的实验处理,湿实验检测结果及其解读等信息在哪里找?

    答:以上及其它与实验检测相关的问题请参见实验检测报告,数据分析报告只涉及干实验的原理和结果部分。

  • 结果文件的格式是什么?如何打开结果文件?

    答:结果文件的格式包括:文本/表格文件通常使用.csv,.xlsx,.doc和.docx格式,这些文件都可以使用Microsoft Office 2007或更高版本打开。图片文件通常使用.tiff,.jpg,.gif,.html和.pdf格式。以上格式中,.gif和.html格式可能为动态/可交互图片,推荐使用Internet Explorer或使用专业的图片编辑软件打开;.tiff和.jpg格式都可以使用Windows照片查看器打开,.pdf格式可使用Adobe Acrobat Reader DC 打开。以上图片格式也可以使用专业的图片处理编辑软件打开。

  • 为什么在实验中物质A的含量明显大于物质B,然而在代谢组数据中物质B的信号强度明显大于物质A的信号强度?

    答:由于不同物质具有不同的分子结构和性质基团,故不同物质在质谱的离子化效率、信号响应强度等参数都不尽相同,最后的结果是不同物质的质谱检测效率差别很大。故比较代谢组学的定量结果,仅适用于同一物质在不同状态(实验/对照)间的比较,而非不同物质在同一实验状态下的比较。

  • QC样本是实验组样本的等体积混样,为什么PCA模型中QC样本与实验组样本分离非常明显?是否是QC样本制备有问题?

    答:QC样本用以衡量样本上机检测过程中色谱——质谱平台的稳定性,QC样本的检测是穿插在各个实验样品检测之间的。如果检测过程中平台稳定性良好,那么PCA模型中的QC样本聚集良好,同时聚集良好的QC样本也说明其制备过程没有问题。QC虽然是多组样本的混合,会有向各组中心趋近的可能,但是不代表这样的趋近一定是线性的,可能会有偏移。PCA模型展示的实际上是所有代谢物差异的组合,是n维空间点的二维投影,在投影过程中产生偏离是十分正常的情况。