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宏病毒组2.0上线了!

来源:admin    发布时间:2019-10-28   阅读数:904



自今年3月份a级黄色片独家震撼推出微生物组学领域最前沿的宏病毒组产品以来,该产品受到了全国各地研究学者的广泛关注,半年时间,该产品已给百来个客户的研究带去了最新的病毒前沿分析结果,合作的第一篇文章也即将见刊,对于一个创新产品而言,速度之快足见该领域的引领性及研究价值。与此同时,a级黄色片对于该产品的创新和研发一直在不停的快速推进,为的只是更快的给大家提供更完善的产品和更优质的服务。现a级黄色片正式推出宏病毒组2.0升级版本,更加丰富的分析内容,更加个性的定制分析,期望为您的研究带来全新不一样的体验。





总体对比



表1. 宏病毒组V 1.0和V 2.0对比




宏病毒组2.0



宏病毒组2.0版本分析中增加了多样性分析(α-多样性和β-多样性分析)、统计分析(LEfSe分析和组间差异显著性检验)和病毒宿主预测分析。对于高级分析和个性分析中的噬菌体宿主预测存在差别;在高级分析中,所展示的结果是表格信息,可以根据样本数据的特点和样本数量等评估是否可以进行个性化的视图展示,详见个性分析中结果图5。


图1. 宏病毒组2.0分析流程图



细谈个性分析





新病毒基因组组装


自然界种存在着大量未知的病毒,是构成生态系统的重要基础,而我们对于病毒的研究受限于无法有效的分离出病毒,基因组学研究为探索病毒的奥秘提供了有效的方法,尤其是不依赖培养的宏病毒技术,在病毒基因组组装工作中有着决定性优势。目前已经组装得到病毒类型包括:RNA病毒、ssDNA病毒、dsDNA病毒组装得到新病毒基因组后,通过与已知病毒共同构建系统发育树,可以确定新病毒的系统发育地位。


图2. 新病毒基因组系统发育树分析




目的基因分析

生命间的遗传物质转移一直以来都是生命科学研究关注的热点,研究发现病毒与其宿主质之间的水平基因转移事件广泛存在。通过水平基因转移,病毒可从宿主获得具有特殊功能的基因,可以提高自身的适应能力;同时病毒也可以作为宿主间基因转移的媒介,为宿主的进化提供动力。研究发现一类新的奇古菌病毒可能通过水平基因转移从宿主获得amoC基因,在某些条件下,病毒源的amoC基因的拷贝数占宏基因组细胞组分amoC基因拷贝数的一半,说明此类病毒可能在单循环过程中发挥着至关重要的作用。



图3. 特定目的基因谱系分析


图4. 特定目的基因功能结构域分析




噬菌体宿主预测分析
每种病毒都有其特定的天然宿主,第一时间发现病毒的天然宿主对传染性疾病大防控来说具有十分重要的意义,此外,病毒和宿主之间存在复杂的相互作用,考虑到病毒在宿主的代谢、遗传信息传递及生物群落构建等发挥的作用,找到病毒和宿主之间的关系至关重要。




图5. 病毒宿主预测分析





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