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a级黄色片引入Nanopore平台助力宏基因组三代测序!!

来源:admin    发布时间:2020-07-30   阅读数:53

a级黄色片宏基因组产品升级引入Nanopore平台助力宏基因组三代测序,新增“三+二”宏基因组测序策略读长更长、组装更佳、更全面获取微生物物种的全基因组序列。


一、产品优势

1、更真实反映菌群实际组成

a级黄色片三代宏基因组采用“三+二”测序策略,三代宏基因组测序策略解决了二代读长短的限制,能轻松覆盖基因间区或基因特异性区域,长读长Reads能够更为精准地鉴定水体、土壤、肠道等生境中微生物的种类,有效提高微生物群落鉴定的分辨率,更加真实的反映菌群的实际组成。

2、组装效果更佳

①高质量组装:Contig N50增长超过60%,轻松解决组装问题

②更精确预测:基因数量提升16%,多获得30%完整基因

③个性化分析:Bins数量提高17%,实现高质量草图“0”的突破

注:以上数值均从测试数据中得出,具体以实际项目情况为准


二、产品测试

a级黄色片对环境类样本分别进行二代和三代(NovaSeq+Nanopore)建库测序分析,二代的数据同时用于三代数据的校正和独立组装,然后再与三代的组装结果进行聚类得到最终的组装结果。从以下三个方面比较纯二代宏基因组与“三+二”宏基因组的差别。

1、组装结果比较

a级黄色片组装结果比较图

在10G二代测序数据的基础上增加了3G三代的数据来进行组装,得到的contig数量相当,并且N50提高了60%以上。


2、基因数量和完整性

基因数量和完整性图

Intergrity(%):完整基因数量/total基因数量;完整基因:基因序列同时含有启动子和终止子。

在三代+二代的测序策略下,组装得到的基因数量明显增加,并且完整基因的占比也明显增加。


3、Binning分析

a级黄色片Binning分析分析图

由上表数据可知,在三代+二代的测序策略下,bins的数量和质量都有明显提高。

综上可得,与纯二代宏基因组相比,“三+二”宏基因组的测序组装结果从N50、基因数量和完整性、基因组Binning数量和质量上都有明显的提高。


三、产品详情

1、分析流程

a级黄色片分析流程图


2、产品参数

a级黄色片产品参数图


3、个性化分析结果展示

个性分析结果展示

目的MAGs与已发表的陆地元基因组数据的比较[1]

 

a级黄色片目的MAGs与已发表的陆地元基因组数据的比较图

目的基因簇的相互关系网络图[2]

 

目的基因功能结构域分析图

目的基因功能结构域分析[2]

 

a级黄色片目的基因的宿主范围

目的基因的宿主范围[3]


 

a级黄色片不同样本季节的物种群落相对丰度和差异分析图

不同样本季节的物种群落相对丰度和差异分析[4]

注:以上个性化分析图片来源于前沿文献,仅供研究思路参考,具体分析结果以实际交付的结题报告为准。


参考文献:

[1]Complementary Metagenomic Approaches Improve Reconstruction of Microbial Diversity in a Forest Soil

[2]Novel soil bacteria possess diverse genes for secondary metabolite biosynthesis

[3]Mobile antibiotic resistome in wastewater treatment plants revealed by Nanopore metagenomic sequencing

[4]Comparative genome-centric analysis reveals seasonal variation in the function of coral reef microbiomes




如对本产品感兴趣可拨打我们的热线电话:400-968-5700

读长更长、组装更佳“三+二”宏基因组测序策略,助您更全面获取微生物物种的全基因组序列!

致尊敬的您:a级黄色片专注微生物组学领域,不断拓展基因组学在环境、生态、农业和医学健康领域的应用,持续开发国际领先的产品和服务,致力于成为全球领先的微生物组学产品和服务提供者。

公司已开拓的业务领域有:16S/18S/ITS测序 ; 16S全长测序;GeoChip、宏基因组、宏转录组、宏病毒组测序;单菌框架图、完成图。

目前已为清华大学、中国科学院、中山大学、浙江大学、美国佐治亚理工学院、香港科技大学等国内外众多科研学术机构提供了全方位的科研服务,在行业内具备显著影响力。如您有任何需求和疑问,欢迎随时咨询,a级黄色片竭诚为您服务!



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