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代谢组|代谢组IF3-5分文章发文思路

来源:admin    发布时间:2020-09-10   阅读数:91

在前面的推文中,我们对代谢组产品进行了详细的介绍。在了解了代谢组产品后,大家可能会有这些疑惑:我手上的预算能发多少分的文章呢?发低、中、高分文章的大致研究思路应该是怎样的呢?代谢组学如何与其他组学进行联合分析呢?接下来我们将会给大家详细介绍各区段影响因子的代谢组文章的大致研究思路,为各位老师的研究提供研究思路与分析重点。


代谢组IF3-5分文章思路

样本量:

分析思路:

1、单组学差异分析+富集分析

2、组学间浅层分析方法关联/数据挖掘关联

3、一般无实验验证结论

预算:10万以内


下面通过一篇发表在Frontiers in Physiology上的文章对3-5分文章的研究思路进行举例展示。

代谢组|代谢组IF3-5分文章发文思路

作者:Shiwei Xie 等

时间:2020.06

期刊:Frontiers in Physiology

影响因子:3.367

实验方法:16S+非靶标代谢组

DOI:10.3389/fphys.2020.00613


研究思路:

本实验利用16S+非靶标代谢组评估低鱼粉(FM)日粮中添加S. limacinum对斑节对虾的免疫反应,肠道菌群和健康的影响。

将斑节对虾分成4组进行喂养,8周后对4组斑节对虾体内的代谢物进行差异分析,发现对照组和实验组虾的代谢物明显不同,对照组(高FM日粮饲养的虾)的血淋巴中低不饱和赖氨酸(LPC)和高不饱和脂肪酸(HUFAs)比例高于实验组(低FM日粮饲养的虾),而实验组中的20 -脱氧肌苷、肌苷、l -色氨酸和胆酸的比例高于对照组。在低FM日粮中适当补充S. limacinum可以调节NF-κB相关的信号传导途径从而增强虾的抗氧化能力并改善虾的免疫反应。

图1 不同组之间差异代谢物的热图
图1 不同组之间差异代谢物的热图。


另外,通过16S对斑节对虾的肠道菌群进行多样性分析,发现饲喂高FM日粮的虾肠道的细菌多样性高于其他三组,并且低FM日粮组增加了弧菌,假单胞菌和光细菌等有害菌属的比例,这可能与虾肠道健康受损有关。


表1 各组间Alpha多样性指数 代谢组|代谢组IF3-5分文章发文思路


总而言之,饲喂低鱼粉日粮会降低斑节对虾的体重,削弱其免疫反应,引起肠道损伤,并增加了虾中有害细菌的比例。在低FM日粮中添加S. limacinum可以促进虾的生长性能,并改善虾的免疫反应和肠道健康。 作者为了评估低鱼粉饮食对斑节对虾健康的影响,对斑节对虾分别进行了多样性分析和代谢物差异分析,但组学间的分析方法关联和数据挖掘关联有所欠缺,也没有通过实验对结论进行验证。



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