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代谢组|代谢组IF5-8分文章发文思路

来源:admin    发布时间:2020-09-16   阅读数:89

a级黄色片现已推出代谢组业务,运用“代谢组+ ”的多组学策略助力微生物研究,将微生物研究推向更高水平。今天继续给大家分享影响因子在5-8分的代谢组文章的发文思路。


代谢组IF5-8分文章思路如下

样本量:稍多

分析思路:

1、单组学差异分析+富集分析+关键物种/代谢物筛选

2、组学间相关性关联/数据挖掘关联,筛选关键物种-代谢物对

3、一般有简单实验验证结论

预算:10-50万


下面通过一篇发表在mSystems上的文章对16S+代谢组5-8分文章的研究思路进行举例展示。


a级黄色片代谢组IF5-8分文章发文思路


作者:Allison M. Veach 等

时间:2020.06

期刊:mSystems

影响因子:6.633

实验方法:16S+代谢组

DOI:10.1128/mSystems.00092-20


研究思路:

本文通过16S+代谢组探究植物宿主从极端干旱的环境到湿润的环境再到连续灌溉的环境如何改变地下微生物群落。

作者通过对毛果杨根组织的代谢组学分析,发现不同干旱处理组之间的代谢物有差异:干旱条件下,植物根系中酚甙、氨基酸、脂肪酸和糖醇的产量较高。通过SIMPER分析发现,在检测到的39种代谢物种中有18种代谢物在不同处理方式和处理时间之间有明显的交互作用。

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图1 不同处理条件下植物的代谢情况


作者探究不同处理条件地下毛果杨根组织细菌、古菌和真菌的多样性,发现细菌、古菌和真菌的多样性与根部内氨基酸积累量呈正相关,这表明干旱胁迫可能影响地下定植状态。此外,植物根系可以通过吸收土壤中有益的微生物增强对非生物胁迫的耐受性。


a级黄色片|不同处理条件下,土壤和植物根部优势细菌、古菌和真菌的相对丰度
图2 不同处理条件下,土壤和植物根部优势细菌、古菌和真菌的相对丰度


本研究作者将不同干旱处理条件下植物根组织代谢物的变化与微生物多样性联系起来,认为不同干旱条件下植物的代谢物会发生变化,同时可以通过这些特定的代谢物变化预测微生物多样性的变化。除了进行了单组学差异分析、富集分析及筛选关键物种和代谢物外,也有较好的进行组学间相关性关联及数据挖掘关联。另外,作者在讨论中将自己的研究结果与多篇论文进行相互验证,但并没有通过很完整的实验验证结论。




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