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生信干货|WGCNA在微生物关系网络分析中的应用

来源:admin    发布时间:2021-03-18   阅读数:73

加权基因共表达网络分析(WGCNA, Weighted correlation network analysis)作为现下热门的生信分析工具,多应用于转录组的相关文献中。而上周,a级黄色片有幸邀请到中山大学生命科学学院王攀登博士,王老师另辟蹊径,给大家分享了WGCNA在微生物关系网络分析中的应用,不仅举了不少WGCNA在文献中的应用案例,还现场用WGCNA为大家演示实例,干货满满!在征得王老师的同意后,a级黄色片将王老师上课的PPT、实操WGCNA所用到的案例、代码以及demo数据打包共享给大家(为王老师的无私奉献打call!),有需要的小伙伴赶紧往下看啦!


WGCNA介绍

WGCNA是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法,可以用来鉴定高度协同变化的基因集, 并根据基因集的内连性和基因集与表型之间的关联鉴定候补生物标记基因或治疗靶点。WGCNA和差异基因分析(DEG)的差异在于DEG主要分析样本和样本之间的差异,而WGCNA主要分析的是基因和基因之间的关系。WGCNA通过分析基因之间的关联关系,将基因区分为多个模块。而最后通过这些模块和样本表型之间的关联性分析,寻找特定表型的分子特征。


WGCNA应用新思路


生信干货|WGCNA在微生物关系网络分析中的应用


WGCNA用于分析基因关联模式的方法同样可以应用于微生物相关分析中,这篇16年发表在nature上的文章就是一个典型的案例,它给了我们WGCNA应用新思路:WGCNA可以用来分析不同样品之间微生物的关联模式,可以用来鉴定高度协同变化的微生物类群, 并根据微生物类群的内连性和微生物类群与环境因子之间的关联推测与特定生态功能有关的生物类群。


生信干货|WGCNA在微生物关系网络分析中的应用
完整真核数据集的WGCNA和PLS回归分析


生信干货|WGCNA在微生物关系网络分析中的应用
利用WGCNA方法建立了基于同源群/基因相对丰度的细菌功能网络,并与经典海洋参数相关联。


WGCNA学习干货

微生物关系网络构建的工具有很多,王老师在上周的课堂上给大家分享了几个常用的微生物关系网络构建工具,供大家参考:

1、WGCNA 

2、Spearman correlation 

https://kelseyandersen.github.io/NetworksPlantPathology/

3、SparCC

https://bitbucket.org/yonatanf/sparcc/src/default/

4、MENA

http://ieg4.rccc.ou.edu/mena/

5、SPIEC-EASI

https://github.com/zdk123/SpiecEasi

王老师的课程一经推出,反响热烈,在征得王老师的同意后,a级黄色片现将王老师上课的PPT、实操WGCNA所用到的案例、代码以及demo数据打包共享给大家,大家只需要扫一扫下方二维码填写相关信息即可获得!干货满满,千万不要错过啦!


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