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研究思路|16S rDNA V4测序分析-极速模式应用案例解读

来源:admin    发布时间:2021-03-26   阅读数:22

15天纵享接收样本到结果交付一站式极速体验,a级黄色片16S rDNA V4测序分析-极速模式,结果产出,快人一步!


1、产品介绍

研究思路|16S rDNA V4测序分析-极速模式应用案例解读

微?物多样性测序分析是?前获知样本微?物组成及丰度信息层?接收度最?的?段之?。?东a级黄色片科技有限公司(以下简称“a级黄色片”)基于16S rDNA V4区域的通?引物及历经淬炼的成熟交付模式,开发全新的极速测序分析模式,从样本接收到分析结果交付仅需要 15天 !为您的科研进度争分夺秒。


2、EMP计划

a级黄色片的16S rDNA V4测序分析-极速模式所使用的引物是来自于地球微生物组计划(Earth Microbiome Project,EMP),引物序列如下:

515f:GTGCCAGCMGCCGCGGTAA

806r:GGACTACHVGGGTWTCTAAT

EMP成立于2010年,是一项大规模的全球合作项目,致力于研究全球微生物组成和分布情况。EMP的目标是尽可能多地对地球微生物群落进行取样,以便促进人们对微生物及其与包括植物、动物和人类在内的环境之间的关系的理解。目前,这项计划极大的拓宽了地球上已知微生物名录,对全球微生物研究具有深远的意义。


3、案例解析

a级黄色片的16S rDNA V4测序分析-极速模式所用引物适用于多种样本类型,目前基于此引物a级黄色片已完成了过万例样本的常规模式交付,涉及的样本类型包括土壤、粪便、水体、沉积物和组织。下面给大家分享几篇涉及不同环境样本类型的微生物研究,研究中均使用到此测序引物进行测序分析。



案例一


研究思路|16S rDNA V4测序分析-极速模式应用案例解读

题目:Space Is More Important than Season when Shaping Soil Microbial Communities at a Large Spatial Scale

期刊:mSystems(2020)

影响因子:6.519

样本类型:土壤

测序引物:16S rDNA V4

515f:GTGCCAGCMGCCGCGGTAA   

806r:GGACTACHVGGGTWTCTAAT

本文作者通过对华北平原小麦主产区约878km大尺度范围内土壤细菌群落和真菌群落的时空变异进行研究,发现空间距离对微生物群落结构影响远大于季节变化,且土壤微生物群落的季节变异主要是通过影响快速变化的环境变量来驱动的。由于微生物的季节变异能够被快速变化的环境变量所解释,因此,研究者推测大尺度范围内微生物的空间分布规律可以通过单次采集的数据集获取。


研究思路|16S rDNA V4测序分析-极速模式应用案例解读
细菌和真菌的alpha多样性的时空变异及细菌和真菌的beta多样性的时空变异



案例二


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题目:Winter warming in Alaska accelerates lignin decomposition contributed by Proteobacteria

期刊:Microbiome(2020)

影响因子:11.607

样本类型:冻土土壤

测序引物:16S rDNA V4

515f:GTGCCAGCMGCCGCGGTAA   

806r:GGACTACHVGGGTWTCTAAT


本文作者通过975天的实验室培养,在耗尽土壤中的活性碳后,对北极冻土的活跃层进行稳定同位素探测,揭示了木质素微生物分解者的身份及其对变暖的响应。研究结果显示,β-变形菌属伯克霍尔德菌占潜在木质素分解者总丰度的95.1%。从冻土带土壤中分离出来的伯克霍尔德菌可以以木质素作为唯一的碳源生长。除此以外,研究发现增温(+2.2°C)显著增加了所有潜在木质素分解者的总丰度和功能能力。除伯克霍尔德菌外,具有木质素分解能力的α-变形菌属(如慢生根瘤菌属和甲基菌属)在升温作用下也增加了82倍。这些群落变化共同增加了启动效应,即新鲜碳输入土壤后,现存碳的分解。因此,本研究进一步证实了气候变暖加剧了土壤碳的不稳定性。


研究思路|16S rDNA V4测序分析-极速模式应用案例解读
冻土中不同菌群的绝对丰度



案例三


研究思路|16S rDNA V4测序分析-极速模式应用案例解读

题目:Environmental shaping of the bacterial and fungal community in infant bed dust and correlations with the airway microbiota

期刊:Microbiome(2020)

影响因子:11.607

样本类型:床尘

测序引物:16S rDNA V4

515f:GTGCCAGCMGCCGCGGTAA   

806r:GGACTACHVGGGTWTCTAAT


本研究探究了床上灰尘微生物对儿童免疫力的作用。研究人员分析了577名婴儿床上的的床尘样本,然后将其与542名儿童的呼吸道样本进行了比较,发现存在儿童床上的微生物与儿童自身携带细菌之间存在联系。这种相关性表明:微生物可能会减少儿童以后患哮喘、过敏和自身免疫性疾病的风险。床上灰尘会影响儿童体内微生物的生长方式,从而影响他们对各种疾病的免疫力。


研究思路|16S rDNA V4测序分析-极速模式应用案例解读
呼吸道与床尘样本的微生物alpha和beta多样性分析



案例四

研究思路|16S rDNA V4测序分析-极速模式应用案例解读

题目:Low-dosage ozonation in gas-phase biofilter promotes community diversity and robustness

期刊:Microbiome(2021)

影响因子:11.607

样本类型:生物滤池

测序引物:16S rDNA V4

515f:GTGCCAGCMGCCGCGGTAA   

806r:GGACTACHVGGGTWTCTAAT


本研究对比了两个处理高浓度甲苯的生物滤池(一个作为对照组,另一个进行低剂量臭氧处理)的微生物群落在多样性、不同碳源的代谢速率、功能预测以及共生网络上的差异。结果表示,经过低剂量臭氧处理后的生物滤池的微生物多样性显著提高(提高超过30%),其中与生物膜修复与合成能力相关的菌群相对丰度显著增加。另外,在臭氧处理作用下的微生物群落对氨基酸和羧酸的整体代谢能力增强。这些结果表明,低剂量的臭氧处理可以提高微生物群落的多样性和稳定性,并且可以缓解生物滤池中常见的堵塞和降压问题。


研究思路|16S rDNA V4测序分析-极速模式应用案例解读
生物滤池中相对丰度排名前20的类群与去除率(RE%)和矿化率(MR%)呈正相关



案例五


研究思路|16S rDNA V4测序分析-极速模式应用案例解读


题目:Effects of Spatial Variability and Relic DNA Removal on the Detection of Temporal Dynamics in Soil Microbial Communities

期刊:mBio(2020)

影响因子:6.784

样本类型:土壤

测序引物:16S rDNA V4

515f:GTGCCAGCMGCCGCGGTAA   

806r:GGACTACHVGGGTWTCTAAT


本研究解释了空间异质性和残留DNA(死亡细胞的DNA和细胞外的DNA)去除对土壤微生物群落时间动态变化的影响。作者在6个月内对美国科罗拉多州不同的山坡的不同坡面进行了集中采样分析,结果表明,微生物群落的空间异质性比时间动态变化要强的多,去除残留DNA无法改变微生物群落的空间异质性,但可以显著提高检测土壤微生物群落时间动态变化的能力。这些结果揭示了微生物个体间的环境偏好和随时间变化的关系,并强调了在探测地下群落时间动态变化时考虑残留DNA的重要性。


研究思路|16S rDNA V4测序分析-极速模式应用案例解读
地下微生物群落的时间生态位结构




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